《少年间谍 第二季》延续了第一季的紧张与刺激，剧情更加扣人心弦。在剧中，亚历克斯·莱德继续他的特工生涯，面对更为复杂的国际阴谋。随着调查的深入，亚历克斯发现了一位名为达米安·克雷的高科技亿万富翁与科技黑客“烟镜”之间的秘密联系，他们似乎正在策划一项全球性的阴谋。

在一连串的冒险与智斗中，亚历克斯与他在军情六处的朋友汤姆，以及他的监护人杰克·斯塔布莱特紧密合作，试图阻止达米安·克雷的邪恶计划。他们发现，克雷正在利用一款名为《羽蛇2》的全球现象级视频游戏，企图获取核发射代码，从而控制核武器。

在危机四伏的情况下，亚历克斯不仅要面对来自敌人的追杀，还要解决内部的背叛和误解。最终，在一场惊心动魄的较量中，亚历克斯成功阻止了达米安·克雷的阴谋，拯救了世界。