《吾皇在上小女子在下》的剧情发生在一个古代王朝，讲述了一位权倾朝野的皇帝与一位机智勇敢的女子之间的爱情故事。皇帝虽身处高位，却饱受权臣的威胁与宫廷的阴谋。在一次意外中，他邂逅了那位出身平民、却智慧过人的女子。她以独特的视角和策略，帮助皇帝化解了重重危机，逐渐赢得了皇帝的信任和倾慕。

两人之间的感情在权谋斗争中逐渐升温，却也因身份的悬殊而面临重重阻碍。女子不仅要面对宫廷的尔虞我诈，还要与皇帝一同对抗那些企图颠覆王朝的势力。最终，在经历了一系列的考验和磨难后，两人携手并肩，共同守护了王朝的安宁，也收获了彼此的爱情。