《奇异贤伴 黑色天使》的剧情设定在公元2242年，一个由名为“Blue Cyst”的剧毒之雨引发的大灾难“新月之泪”后的世界。百年过去，人类逐渐找到克服这场灾难的道路，然而，他们仍需面对“Blue Cyst”遗留下的怪物。

在这个荒废的世界里，人们发现了一种名为“梅加斯”的类人生物，它们搭载了类双对思考型的AI，成为了人类的重要伙伴。与此同时，人类还研发了与“梅加斯”相辅相成的机甲“魂棺”，由人类驾驶，共同在荒野中寻找生存资源。

故事围绕着主角们与“梅加斯”的冒险展开，他们不仅要面对外界的危险，还要探索自己内心的恐惧与勇气。在这个过程中，人类与“梅加斯”之间建立了深厚的羁绊，共同为了生存和未来而战。